Les quartiers généraux sont les arsenaux des Médicis, sur le Pisan Lungarno, une série d'entrepôts utilisés comme arsenaux pour la construction et l'entretien des galères des chevaliers de Santo Stefano, un corps de chevaliers utilisé pour la défense navale contre la menace sarrasine. Sur la façade des arsenaux, en effet, une série d'inscriptions commémore les principales victoires des chevaliers contre les Sarrasins. Les arsenaux tombèrent bientôt en désuétude et furent occupés par des structures militaires puis par des écuries. Jusqu'à la première période d'après-guerre, ils abritaient le centre d'élevage de chevaux de l'armée italienne ; une partie des stalles et des structures servant à abriter les chevaux ont été conservées dans l'aménagement, afin de conserver le souvenir de cette importante phase historique.
Une histoire millénaire sur le commerce et les marins, les routes et les naufrages, la navigation et la vie à bord et l'histoire de la ville de Pise. 800 pièces présentées en 8 sections thématiques, au sein desquelles les sections du musée se déroulent selon une séquence logique. La ville entre les deux fleuves, Terre et eaux, La fureur des eaux, Navalia, Navires, Commerce, Navigation, Vie à bord.